Un taller puede hacer eso, siempre en conformidad con el cliente, es un pacto de carácter privado y legalmente no hay impedimento en ello.
Aunque así a primeras, parece un tanto raro, hay talleres que lo hacen.
Lo que debes tener muy claro y en cuenta, es pedirles un resguardo de depósito, en el cual quede reflejado clarísimamente el monto que se entregó a cuenta, y yo, les haría además incluir que me hicieran entrega del material sustituido, estás en tu derecho, y deben hacerlo, no sea que puedan sacar beneficios a un futuro con tus piezas.
Asimismo, les haría incluir que la avería es causada por las piezas que van a ser sustituidas, y de este modo, te amparada en lo tratado, en caso de persistir el problema.
Ya sé que así a primera vista, puede resultar un tanto incómodo, pero te aseguro que es una tranquilidad para el futuro y además, desde mi punto de vista, no es una reparación barata que no se deba asegurar como es debido.