Buen día, lo que te ocurre es que las llaves llevan lo que se llama un transpondedor, la misión de este es decirle al inmovilizador de la unidad que esa llave es la correcta y no una copia con la misma forma (si esto no ocurre se activa el inmovilizador) y el motor no arranca.
Las llaves hoy en día llevan el espadin y el transpondedor, el espadin hace la típica función de llave y el transpondedor le da "el pass" al motor para arrancar.
Necesariamente DEBERÁS pasar por caja a que te reconfigure todo.
Las baterías se quitan "pinchando voltaje", si no ocurren estas cosas.
EDITO- esto se puede solucionar con un obd con HS/MS Scan, pc y licencia extendida de forscan o pasando por caja (no es barato).